臺大醫學院是臺灣醫學教育史上最悠久的學校，其淵源可追朔至1897年，日本人在臺北病院設立醫學講習所，以臺灣年輕人為對象進行醫師培育。1899年4月正式成立「臺灣總督府醫學校」，於1936年正式設立臺北帝國大學醫學部。

「醫學人文博物館」為兩層建築，由日本建築師近藤十郎所設計，風格屬於文藝復興後期樣式。最早完成的部分為生化學藥理教室（面向中山南路的樓座，1907年12月竣工），隨後完成本館及玄關（面向仁愛路的樓座，1913年11月竣工）。

1980年醫學院區進行整建，二號館的大講堂部份首遭拆除，整個醫學院區內舊有建築僅剩二號館大廳及西側部份建築，謝博生院長及院內師長有鑑於二號館為院區內僅存之古老建築物，更是醫學院與臺灣醫學教育百年來發展歷程的歷史見證，故提議修復保存這棟具有醫學院歷史意義及精神象徵的建築物。

1995年1月開始向校友發起募捐，同年8月展開修復工程，1998年2月21日以「醫學人文館」名稱正式啟用。啟用後，主要作為醫學院推廣醫學人文教育、展示醫學相關文物及進行本院校友師生交誼之中心，期能激勵學生師法前人、承先啟後，發揮潛移默化的教育功能。

2008年11月加入臺灣大學博物館群，轉型為「臺大醫學人文博物館」，開放給大眾參觀。館內的文物典藏及展示以臺灣醫學史為重點，揭示醫學院在臺灣現代醫學及醫學教育發展之貢獻，並展現醫學各領域在臺灣發展之過程與特色，同時提供教師作為醫學人文領域之教育及研究材料，期望引導觀眾對於「人」從生理、心理、社會等各面向的全面關注與理解，建立以人為中心的關懷精神與文化。